Cuarta hija de Margarita de Austria y de su esposo Felipe III rey de España. La infanta María nació en El Escorial, el 18 de Agosto de 1606, y al cumplir los 25 años de edad casó con su primo carnal Fernando III de Hungría el 20 de febrero de 1631, hijo de su tío el emperador de Alemania Fernando II de Habsburgo. Ambos subieron al trono imperial el 15 de febrero de 1637.

 De esta unión nacieron 6 hijos:

1º.- Fernando, murió a la edad de 21 años (1633-1654)
2º.- Maria Ana de Austria , 2ª esposa de su tío Felipe IV DE ESPAÑA, madre de Carlos II el Hechizado.
3º.- Felipe Augusto
4º.- Maximiliano Tomás
5º.- Leopoldo I de Austria
6º.- Maria de Austria

 La emperatriz María murió en Linz, el 13 de mayo de 1646.